As espécies foco das investigações do GPMAI são o boto-cinza (Sotalia guianensis) e a baleia jubarte (Megaptera novaengliae).

​

Os estudos científicos realizados pelo GPMAI se enquadram nas seguintes linhas de pesquisa:

• Ecologia e conservação de mamíferos aquáticos

• Etnoconhecimento e interferências antropogênicas

• Comportamento animal

​

Além disso, os métodos de monitoramento utilizados nas pesquisas incluem:

• Monitoramento visual embarcado

• Monitoramento visual de ponto fixo

• Monitoramento acústico

​

Esses métodos são fundamentais para a coleta de dados sobre o comportamento, a distribuição e a ecologia das espécies estudadas, contribuindo para a conservação e o manejo sustentável das populações de mamíferos aquáticos.